Lá o Beagle parou para fazer levantamentos no Arquipélago de los Chonos. Dali eles viram a erupção do vulcão Osorno nos Andes. Eles então partiram para o norte chegando ao porto de Valdivia em 20 de fevereiro de 1835. Darwin estava em terra firme quando experiênciou um terremoto, e retornou para encontrar o porto da cidade severamente destruido. A 320 km dali em Concepción, Chile, eles encontraram a cidade devastada por repetidos choques e ondas de mare, deixando até a catedral da cidade em ruínas. Tentando fugir do horror da morte e destruição da cena, Darwin notou que as camadas de mexilhões estavam depositadas acima da maré alta com os moluscos mortos . Havia evidências claras de que o chão havia elevado-se 2,7m, e ele pessoalmente experimentou o processo gradual do continente emergindo do oceano como Lyell havia indicado.
De volta a Valparaiso, Darwin participou de outra excursão para os Andes em 21 de março alcançando a divisão continental a 4000m de altura: até ali ele encontrou fósseis de conchas do mar nas rochas. Depois de ir a Mendoza quando estavam retornando por uma passagem diferente eles encontraram uma floresta petrificada de árvores fossilizadas, cristalizadas em uma escarpa de arenito. Darwin percebeu que essas árvores estavam na praia atlântica quando a terra afundou, enterrando-as na areia que foi então comprimida em rocha, e foi então gradualmente elevada junto com o continente a 2100m nas montanhas. Retornando a Valparaiso com mulas carregadas de espécimes ele escreveu a seu pai que seus achados, se aceitos, seriam cruciais para a teoria da formação do mundo. Após outra expedição aos Andes enquanto o Beagle estava sendo consertado, Darwin finalmente se juntou ao resto da expedição e eles velejaram para Lima, mas encontraram uma insurreição em progresso e tiveram que permanecer no navio. Nessa ocasião ele estava escrevendo suas notas quando percebeu que a idéia de Lyell de que atóis de corais estavam na borda de vulcões extintos que se elevavam fazia menos sentido do que vulcões afundando gradativamente para que os recifes de corais em volta da ilha continuassem sendo formados perto do nível do mar e se transformassem em atóis enquanto o vulcão desaparecia no mar. Essa era uma teoria que ele iria examinar quando eles chegassem a tais ilhas.
De volta a Valparaiso, Darwin participou de outra excursão para os Andes em 21 de março alcançando a divisão continental a 4000m de altura: até ali ele encontrou fósseis de conchas do mar nas rochas. Depois de ir a Mendoza quando estavam retornando por uma passagem diferente eles encontraram uma floresta petrificada de árvores fossilizadas, cristalizadas em uma escarpa de arenito. Darwin percebeu que essas árvores estavam na praia atlântica quando a terra afundou, enterrando-as na areia que foi então comprimida em rocha, e foi então gradualmente elevada junto com o continente a 2100m nas montanhas. Retornando a Valparaiso com mulas carregadas de espécimes ele escreveu a seu pai que seus achados, se aceitos, seriam cruciais para a teoria da formação do mundo. Após outra expedição aos Andes enquanto o Beagle estava sendo consertado, Darwin finalmente se juntou ao resto da expedição e eles velejaram para Lima, mas encontraram uma insurreição em progresso e tiveram que permanecer no navio. Nessa ocasião ele estava escrevendo suas notas quando percebeu que a idéia de Lyell de que atóis de corais estavam na borda de vulcões extintos que se elevavam fazia menos sentido do que vulcões afundando gradativamente para que os recifes de corais em volta da ilha continuassem sendo formados perto do nível do mar e se transformassem em atóis enquanto o vulcão desaparecia no mar. Essa era uma teoria que ele iria examinar quando eles chegassem a tais ilhas.
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