A primeira parada do Beagle foi em Cabo Verde. Rumaram para a América do Sul, chegando a Fernando de Noronha em fevereiro de 1832 e aportando em Salvador, na Bahia. De Salvador, foram descendo a costa brasileira e aportaram no Rio de Janeiro em abril do mesmo ano. No Rio, Darwin coletou espécies de insetos e fez medições topográficas da costa. Era a primeira vez que o naturalista se deparava com uma floresta tropical.
Seguiram para a Argentina onde visitaram a Bahia Blanca, cidade da província de Bueno Aires, a Patagônia e a Terra do Fogo. Na praia de Punta Alta, em Bahia Blanca, Darwin encontrou o fóssil de uma preguiça e um tatu gigante. No Chile, Darwin subiu a cordilheira dos Andes onde encontrou fósseis de conchas, concluindo posteriormente que aquela região, algum dia, já tinha sido mar; e numa fenda nas montanhas uma floresta petrificada.
Do Chile, a expedição partiu para Galápagos, onde passaram um mês. Nesse arquipélago, Darwin pode observar as tartarugas, iguanas e a enorme variedade de aves. E constatou que eram diferentes de ilha para ilha. Rumaram para o Taiti, Nova Zelândia, Austrália, Ilhas Coco, retornaram a Brasil, aportando na Baia e em Recife. Por fim, voltaram para a Inglaterra.
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