As expedições anteriores de levantamento destinados a América do Sul envolveram o HMS Adventure e o HMS Beagle sob o comando geral do comandante australiano Philip Parker King. Durante o levantamento o capitão da Beagle, Pringle Stokes, cometeu suicídio e seu comando foi transferido para o jovem aristocrata Robert FitzRoy (ao lado).
Após o retorno da expedição em 14 de outubro de 1830 capitão King se aposentou, e em 25 de junho de 1831, FitzRoy com 26 anos foi apontado como líder de uma segunda expedição comandando o Beagle. Ele não poupou despesas nos reparos e melhorias do Beagle, com o levantamento do convés e a instalação do melhor e mais recentes equipamentos de navegação. FitzRoy queria um companheiro de viagem bem educado e com conhecimentos cientificos para acompanhá-lo em uma das expedições. Darwin, então com 22 anos foi indicado para a ocupação da vaga por conhecidos de FitzRoy. Porém, as desespesas eram todas pagas pelo próprio naturalista, e o pai de Darwin financiou a viagem do filho.
Darwin ficou responsável então de obter seu próprio equipamento e de meios de preservar suas especimes.
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