Hora de partir

O Beagle não estava pronto para velejar até o início de Novembro, e foi então repetidamente atrasado por ventos fortes, zarpando só em 27 de dezembro de 1831. Passou pela Ilha da Madeira (mas não aportou nela) indo então para Tenerife, mas proibido de desembarcar por causa da quarentena de cólera imposta a barcos vindo da Inglaterra. Eles fizeram sua primeira parada na ilha vulcânica de Santiago no Arquipélago do Cabo Verde, (onde o Diário de Darwin começa). Enquanto leituras precisas eram feitas para confirmar dados sobre a longitude, ele foi à praia e ficou fascinado com sua primeira visão da vegetação tropical, e da geologia do lugar, analisando uma faixa branca bem elevada de conchas do mar, dando suporte a teses de Lyell da elevação e queda da crosta da Terra.
Depois de passar por várias outras ilhas eles chegaram à Bahia(Salvador), Brasil em 29 de fevereiro, onde Darwin ficou maravilhado com a floresta tropical. A visão da escravidão foi considerada ofensiva por Darwin. Ao retrucar isso a FitzRoy quando ele disse que a mesma era justificável, fez com que FitzRoy perdesse a calma e o baniu da expedição. Os oficiais do barco apelidaram o capitão de “hot coffe” (café quente) devido ao seu temperamento na situação, e após algumas horas ele pediu desculpas a Darwin e pediu para que ele permanecesse na expedição.
Darwin ia fazendo sua coleção de especimes, as quais mandava para Cambridge , ao invés de fazer coleções para a expedição em si.